Eine mögliche Antwort war gerade Thema im Forum: 
http://www.ahnenblattportal.de/viewtopi ... torder=asc ("Gruppe löschen"). Beim Ausprobieren bitte nur mit einer Kopie der Daten arbeiten, damit nichts verloren geht! Eine andere Antwort wäre, eine Tafel des entsprechenden Zweigs zu generieren und sie anschließend im *.ahn-Format als neue Familiendatei abzuspeichern (evtl. als *.ged, da sich dieses Format auch mit anderen Programmen austauschen lässt).
Beide Wege könnten Probleme im Detail bereiten, falls zwischen den versch. Zweigen Verbindungen (also gem. Vorfahren) bestehen. Ich habe dieses Problem eher nicht, da meine vier Hauptahnen aus komplett versch. Regionen kommen - erst 
 recht spät  deutlich früher gibt es Ahnenschwund.